《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段轻松愉快的冒险。被实验改造的基因战士与能自由变换形态的史莱姆少年因戦闘の中で宿敵と互いを認め合う相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。亡くなった人の約束を果たすために前に進む的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。