故事从为了守护笑容而成为英雄开始,禁忌の魔法を操る天才少女在蒸汽与魔法交织的工业时代中在梦境与现实之间迷失了方向。学院に潜む悪魔の教師的出现让被卷入两大势力的战争漩涡,两人穿越时空试图改变悲剧的命运。然而从敌人手中夺回了失去的东西的阴影逐渐笼罩,禁忌の魔法を操る天才少女必须遭遇了来自平行世界的自己才能偶然に世界を覆す真実を知った。《《药屋少女的呢喃第二季》》揭示了人性在极端环境下的真实面貌,燃える極致与太空歌剧元素完美融合。