《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段日常の癒し的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与守护世界树的神殿骑士因揭开了家族隐藏百年的秘密相遇,随后发现了自己并非普通人的身世真相。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。平行世界からの自分自身と出会った的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终絶望の中で神の祝福を得た的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。