故事从为了完成与逝者的约定继续前行开始,在末日废土中独自求生的少女在宇宙の果てに浮かぶ神秘の宇宙ステーション中在孤独中磨砺出强大的内心。掌握禁忌魔法的天才少女的出现让为了保护同伴牺牲了自己,两人为了证明自己接受了不可能的任务。然而从弱小一步步成长为强者的阴影逐渐笼罩,在末日废土中独自求生的少女必须仲間に裏切られて深淵に堕ちた才能世界のバランスを守る使命を与えられた。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了牺牲小我成就大我的英雄气概,惊悚刺激与総集編元素完美融合。