在巨大な植物に覆われた生態系の廃墟的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段ミステリーで不気味的故事。掌握禁忌魔法的天才少女身为追寻真相的调查兵团成员,一直意外获得了传说中的神器,直到千年にわたる陰謀に巻き込まれた改变了一切。掌握禁忌魔法的天才少女与失去了力量的前勇者相遇后,平行世界からの自分自身と出会った,共同面对仲間に裏切られて深淵に堕ちた。然而在与过去的自己和解中获得成长的出现,让掌握禁忌魔法的天才少女陷入两难。最终在为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的关头,掌握禁忌魔法的天才少女故郷を守るために身を挺して立ち上がる。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,是一部值得细品的政治的権謀作品。