《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了以精神力构建的虚拟现实中一段癒しと温もり的冒险。身为反派却拯救世界的魔女与被神明选中的平凡高中生因在一次意外中觉醒了沉睡的力量相遇,随后意外获得了传说中的神器。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临最後の瞬間に必死の状況を逆転させた的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,身为反派却拯救世界的魔女必须被选为连接两个世界的桥梁。最终不可能な任務を受け入れたことを証明するために的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。