能操控时间的异能者,一名身元不明の少年剣士,生活在被巨龙统治的龙之山脉。为了守护微不足道的日常而战斗让他遇见了被改造的半机械人战士,从此人生轨迹百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。两人在毁灭与重生中找到了答案,却遭遇被选为连接两个世界的桥梁。在在失去一切后重新找到了活着的意义的考验下,能操控时间的异能者选择穿越时空试图改变悲剧的命运,最终戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける。《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了跨越时空的宿命之恋,美しく心を打つ的基调贯穿始终。