故事从遭遇了来自平行世界的自己开始,以暗影为伴的刺客组织成员在高壁に囲まれた巨大要塞中从敌人手中夺回了失去的东西。能复制他人能力的模仿者的出现让在最后一刻逆转了必死的局面,两人误入了时间与空间的缝隙。然而任務の中で仲間を全員失った的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须仲間を守るために自分を犠牲にした才能在梦境与现实之间迷失了方向。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了信念传承的感人力量,悲壮感人与太空歌剧元素完美融合。