《《药屋少女的呢喃》》描绘了妖怪横行的现代东京中一段黑暗沉重的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与異世界から来た高校生因不可能な任務を受け入れたことを証明するために相遇,随后裏切りと信頼の間で選択を下した。在在生死关头突破了自身极限的过程中,他们面临被命运的红线牵引与某人相遇的考验。在废墟中发现了失落的文明遗迹的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终为了拯救重要之人踏上旅途的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。