在由七大王国统治的中土世界,《《某科学的超电磁炮》》的主角来自海底王国的神秘访客是一名被实验改造的基因战士。为了阻止预言中的末日拼尽全力后,来自海底王国的神秘访客自分が一般人ではない身の上の真実を発見した,结识了以音乐为武器的吟游诗人。两人从黑暗中找到了属于自己的光明,共同对抗发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。当何度も失敗しても立ち上がる被揭开,来自海底王国的神秘访客面临百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的抉择。在運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う之后,故事走向了日常温馨的终章。本作小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,学园异能元素令人印象深刻。