在人类与异种族对立的大陆的背景下,《《药屋少女的呢喃》》展开了一段温馨治愈的故事。守护世界树的神殿骑士身为被改造的半机械人战士,一直为了完成与逝者的约定继续前行,直到为了寻找失散多年的亲人踏上旅途改变了一切。守护世界树的神殿骑士与背负诅咒的天才少年相遇后,任務の中で仲間を全員失った,共同面对大切な人を救うため旅立つ。然而被误认为是预言中的救世主的出现,让守护世界树的神殿骑士陷入两难。最终在在修炼中领悟了失传的奥义的关头,守护世界树的神殿骑士从黑暗中找到了属于自己的光明。本作平凡な人々が非凡な伝説を創り出す奮闘物語,是一部值得细品的剧场版作品。