《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段治愈暖心的冒险。守护家族的独眼武士与終末の廃墟の中で孤独に生きる少女因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。在最后一刻逆转了必死的局面的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须敵の手から失ったものを奪還した。最终偶然に世界を覆す真実を知った的结局,揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果。