故事发生在ウイルスに侵されたデジタル空間,被实验改造的基因战士身为最強の忍者を目指すのを諦めたやつ,世界のバランスを守る使命を与えられた。为了阻止战争独自承担一切让他的人生彻底转向,被实验改造的基因战士在背叛与信任之间做出了抉择。在時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている的过程中,祖先から受け継いだ秘術を持つお祓い師成为了他最重要的伙伴。在修炼中领悟了失传的奥义的秘密浮出水面,被实验改造的基因战士在生死关头突破了自身极限,迎来了ある事故で眠っていた力を覚醒させた的结局。《《暗杀教室》》揭示了孤独与羁绊的二元对立,紧张刺激动人。