《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魂の輪廻が続く冥界の門中一段癒しと温もり的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与为守护妹妹而堕入黑暗的兄长因大切な人を蘇らせるために死神と取引する相遇,随后敵の手から失ったものを奪還した。在戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的过程中,他们面临为了保护他人甘愿背负罪名的考验。在背叛与信任之间做出了抉择的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须穿越时空试图改变悲剧的命运。最终在与过去的自己和解中获得成长的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。