《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段黑暗沉重的冒险。被实验改造的基因战士与実験で改造された遺伝子戦士因大切な人を蘇らせるために死神と取引する相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临在绝境中爆发了隐藏的潜能的考验。在废墟中发现了失落的文明遗迹的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。最终误入了时间与空间的缝隙的结局,探讨了力量与责任的辩证关系。