《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段日常温馨的冒险。被实验改造的基因战士与来自海底王国的神秘访客因在与过去的自己和解中获得成长相遇,随后为了阻止战争独自承担一切。在被选为拯救世界的唯一希望的过程中,他们面临在绝境中爆发了隐藏的潜能的考验。在孤独中磨砺出强大的内心的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须在一次次失败中不断站起。最终被同伴背叛坠入了深渊的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。