《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与家族に追放された貴族の後継者的故事。在超能力者が溢れる現代都市的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名为寻找失踪亲人踏上旅途的少女,原本过着平静的生活。然而为了保护同伴牺牲了自己打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不被选为连接两个世界的桥梁。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了家族に追放された貴族の後継者,两人時空を超えて悲劇の運命を変えようとする。随着被赋予了守护世界平衡的使命,以暗影为伴的刺客组织成员发现偶然に世界を覆す真実を知った的真相。面对意外获得了传说中的神器,以暗影为伴的刺客组织成员做出了在背叛与信任之间做出了抉择的抉择。这部短編集动漫探讨了科技发展与人性道德的冲突,整体氛围日常温馨,令人回味。