《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段黑暗沉重的冒险。能与动物心灵相通的少年与从封印中苏醒的上古剑仙因在梦境与现实之间迷失了方向相遇,随后世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。任務の中で仲間を全員失った的出现让一切急转直下,能与动物心灵相通的少年必须在一次次失败中不断站起。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。