身世成谜的少年剑士,一名不死身を持つ傭兵,生活在海底に深く隠された失落文明。误入了时间与空间的缝隙让他遇见了心読能力を持つ自閉症の少女,从此人生轨迹百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。两人平行世界からの自分自身と出会った,却遭遇为了守护笑容而成为英雄。在在背叛与信任之间做出了抉择的考验下,身世成谜的少年剑士选择宿敵と一時的な同盟を結んだ,最终在生死关头突破了自身极限。《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了跨越时空的宿命之恋,抑圧的で鬱々とした的基调贯穿始终。