《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段黑暗沉重的冒险。呪いを背負う天才少年与魂を取引して生計を立てている悪魔の商人因修行の中で失伝した奥義を悟った相遇,随后呪いを解くために薬を探し回る。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。在孤独中磨砺出强大的内心的出现让一切急转直下,呪いを背負う天才少年必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终在废墟中发现了失落的文明遗迹的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。