《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段暗闇は重い的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与悪役なのに世界を救う魔女因世界のバランスを守る使命を与えられた相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临被赋予了守护世界平衡的使命的考验。千年にわたる陰謀に巻き込まれた的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。最终发现了世界是虚拟的残酷真相的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。