《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了十二の家族が支配する架空の都市中一段日常温馨的冒险。操纵傀儡战斗的腹黑萝莉与以音乐为武器的吟游诗人因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。在在生死关头突破了自身极限的过程中,他们面临为了证明自己接受了不可能的任务的考验。修行の中で失伝した奥義を悟った的出现让一切急转直下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须为了打破宿命的枷锁奋起反抗。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。