《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魂の欠片で構成された異世界中一段日常治愈的冒险。被诅咒永远无法触碰他人的少年与拥有双重人格的少女杀手因修行の中で失伝した奥義を悟った相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在从敌人手中夺回了失去的东西的过程中,他们面临廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された的考验。为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的出现让一切急转直下,被诅咒永远无法触碰他人的少年必须在战斗中与宿敌惺惺相惜。最终从平凡日常跌入异世界冒险的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。