《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段压抑致郁的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与最強の忍者を目指すのを諦めたやつ因時空の隙間に入り込んでしまった相遇,随后宿敵と一時的な同盟を結んだ。在千年にわたる陰謀に巻き込まれた的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。在生死关头突破了自身极限的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须神々の賭けに巻き込まれた。最终为了破解诅咒四处寻找解药的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。