《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段日常治愈的冒险。被实验改造的基因战士与掌握禁忌魔法的天才少女因日常の裏に隠された闇の秘密を発見した相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临闇の中から自分なりの光を見つけた的考验。从黑暗中找到了属于自己的光明的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。