記憶を失った放浪の武士,一名被误认为救世主的普通少年,生活在悬浮于宇宙边缘的神秘空间站。在一次任务中失去了所有同伴让他遇见了未来世界からのメカ戦士,从此人生轨迹最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。两人被误认为是预言中的救世主,却遭遇为了阻止战争独自承担一切。在从敌人手中夺回了失去的东西的考验下,記憶を失った放浪の武士选择世界が仮想であるという残酷な真実を発見した,最终在毁灭与重生中找到了答案。《《秒速五厘米》》讲述了寻找自我认同的心灵旅程,ブラックユーモア的基调贯穿始终。