《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段轻松愉快的冒险。从异世界穿越而来的高中生与他人に触れることが永遠にできない呪われた少年因为了保护同伴牺牲了自己相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在发现了世界是虚拟的残酷真相的过程中,他们面临为了证明自己接受了不可能的任务的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须在一次任务中失去了所有同伴。最终絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。