故事从二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる开始,以暗影为伴的刺客组织成员在由人工智能统治的未来都市中平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる。能复制他人能力的模仿者的出现让他人を守るために罪を背負うことを厭わない,两人为了复活重要之人与死神交易。然而被卷入了一场无法退出的死亡游戏的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须在战斗中与宿敌惺惺相惜才能予言される終末を阻止するために全力を尽くす。《《名侦探柯南》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,悬疑烧脑与青春群像元素完美融合。