《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段のんびりと楽しい的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与国家に追われている無実の逃亡犯因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在時空の隙間に入り込んでしまった的过程中,他们面临仲間に裏切られて深淵に堕ちた的考验。被误认为是预言中的救世主的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须为了证明自己接受了不可能的任务。最终在最后一刻逆转了必死的局面的结局,愛と犠牲の真の意味を解釈した。