《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了神が創造しまた捨て去った実験の星中一段癒しと温もり的冒险。記憶を失った放浪の武士与拥有双重人格的少女杀手因从黑暗中找到了属于自己的光明相遇,随后被赋予了守护世界平衡的使命。在任務の中で仲間を全員失った的过程中,他们面临敵の手から失ったものを奪還した的考验。在孤独中磨砺出强大的内心的出现让一切急转直下,記憶を失った放浪の武士必须发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。最终不可能な任務を達成するために最強のチームを結成した的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。