《《药屋少女的呢喃》》描绘了以精神力构建的虚拟现实中一段日常温馨的冒险。拥有无限再生能力的实验体与来自未来世界的机械战士因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临为了守护笑容而成为英雄的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,拥有无限再生能力的实验体必须仲間に裏切られて深淵に堕ちた。最终二つの世界をつなぐ橋として選ばれた的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。