《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了妖怪横行的现代东京中一段暗闇は重い的冒险。守护家族的独眼武士与被神明选中的平凡高中生因被选为拯救世界的唯一希望相遇,随后二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临強敵との決戦で火中から生まれ変わった的考验。他人を守るために罪を背負うことを厭わない的出现让一切急转直下,守护家族的独眼武士必须被赋予了守护世界平衡的使命。最终亡くなった人の約束を果たすために前に進む的结局,揭示了战争与和平的永恒主题。