《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被诅咒笼罩的古老城堡中一段压抑致郁的冒险。追寻真相的调查兵团成员与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因在与强敌的决战中浴火重生相遇,随后大切な人を救うため旅立つ。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临予言された救世主と誤解される的考验。自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须仲間を守るために自分を犠牲にした。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,運命の無常だが希望は永遠に存在するという真理を明らかにした。