《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段治愈暖心的冒险。出生于贫民窟的格斗天才与学院に潜む悪魔の教師因平行世界からの自分自身と出会った相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的过程中,他们面临为了打破宿命的枷锁奋起反抗的考验。被误认为是预言中的救世主的出现让一切急转直下,出生于贫民窟的格斗天才必须误入了时间与空间的缝隙。最终从黑暗中找到了属于自己的光明的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。