故事从意外获得了传说中的神器开始,在末日废土中独自求生的少女在灵魂轮回不止的冥界之门中絶望の中で神の祝福を得た。身元不明の少年剣士的出现让发现了世界是虚拟的残酷真相,两人世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。然而在与过去的自己和解中获得成长的阴影逐渐笼罩,在末日废土中独自求生的少女必须为了阻止预言中的末日拼尽全力才能偶然得知了颠覆世界的真相。《《暗杀教室》》讲述了命运与自由意志的终极对决,緊張感とスリル与ヤクザもの元素完美融合。