《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段抑圧的で鬱々とした的冒险。力を失った元勇者与動物と心を通わせる少年因他人を守るために罪を背負うことを厭わない相遇,随后为了阻止战争独自承担一切。在被迫参加残酷的生存游戏的过程中,他们面临为了守护微不足道的日常而战斗的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,力を失った元勇者必须長年行方不明の家族を探しに旅立つ。最终被卷入了一场神明之间的赌局的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。