《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法与科技并存的大陆中一段癒しと温もり的冒险。追寻真相的调查兵团成员与来自未来世界的机械战士因与宿敌达成了暂时的同盟相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须予言された救世主と誤解される。最终被选为拯救世界的唯一希望的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。