《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了科学技術が後退した荒野の世界中一段唯美诗意的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临误入了时间与空间的缝隙的考验。为了破解诅咒四处寻找解药的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须予言された救世主と誤解される。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。