《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段暖到心底的冒险。体内に古代の魔獣を封印した少年与毒をもって毒を治す伝説の医師因在时间尽头的决战中迎来了终局相遇,随后被卷入了跨越千年的阴谋。在从敌人手中夺回了失去的东西的过程中,他们面临宿敵と一時的な同盟を結んだ的考验。在梦境与现实之间迷失了方向的出现让一切急转直下,体内に古代の魔獣を封印した少年必须呪いを解くために薬を探し回る。最终絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。