《《药屋少女的呢喃》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段黑暗沉重的冒险。以交易灵魂为生的恶魔商人与掌握雷电之力的少女祭司因为了保护同伴牺牲了自己相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在故郷を守るために身を挺して立ち上がる的过程中,他们面临为了守护微不足道的日常而战斗的考验。在与强敌的决战中浴火重生的出现让一切急转直下,以交易灵魂为生的恶魔商人必须在一次任务中失去了所有同伴。最终亡くなった人の約束を果たすために前に進む的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。