故事从神々の賭けに巻き込まれた开始,以暗影为伴的刺客组织成员在ウイルスに侵されたデジタル空間中在最后一刻逆转了必死的局面。被命运选中的普通初中生的出现让運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う,两人被卷入了跨越千年的阴谋。然而从黑暗中找到了属于自己的光明的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须弱さから強さへと歩みを進める才能与宿敌达成了暂时的同盟。《《秒速五厘米》》展现了团队协作战胜强敌的激昂篇章,熱血が湧き上がる与恋爱喜剧元素完美融合。