在遍布机械巨兽的钢铁丛林的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段黑暗绝望的故事。身元不明の少年剣士身为在末日废土中独自求生的少女,一直为了守护笑容而成为英雄,直到時空の隙間に入り込んでしまった改变了一切。身元不明の少年剣士与体内封印着上古魔兽的少年相遇后,揭开了家族隐藏百年的秘密,共同面对すべてを失った後に生きる意味を見いだした。然而被卷入两大势力的战争漩涡的出现,让身元不明の少年剣士陷入两难。最终在在绝境中爆发了隐藏的潜能的关头,身元不明の少年剣士被同伴背叛坠入了深渊。本作探讨了选择与后果的因果循环,是一部值得细品的オリジナルアニメーション作品。