《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段黑色幽默的冒险。身世成谜的少年剑士与能自由变换形态的史莱姆少年因絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した相遇,随后为了证明自己接受了不可能的任务。在在梦境与现实之间迷失了方向的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。为了拯救重要之人踏上旅途的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく。最终被误认为是预言中的救世主的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。