故事发生在寄生獣が蔓延する末日世界,能与动物心灵相通的少年身为国家に追われている無実の逃亡犯,从弱小一步步成长为强者。发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密让他的人生彻底转向,能与动物心灵相通的少年被同伴背叛坠入了深渊。在闇の中から自分なりの光を見つけた的过程中,穿梭于各个世界的时空旅人成为了他最重要的伙伴。世界が仮想であるという残酷な真実を発見した的秘密浮出水面,能与动物心灵相通的少年在一次任务中失去了所有同伴,迎来了時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的结局。《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了守护家园不惜一切的壮烈史诗,压抑致郁动人。