《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段唯美动人的冒险。被实验改造的基因战士与改造された半機械人戦士因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后強敵との決戦で火中から生まれ変わった。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,揭示了真相与谎言交织的复杂人性。