在魔法与科技并存的大陆的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段ダーク美学的故事。拥有双重人格的少女杀手身为拥有无限再生能力的实验体,一直悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく,直到为了拯救重要之人踏上旅途改变了一切。拥有双重人格的少女杀手与真実を追求する調査兵団のメンバー相遇后,在失去一切后重新找到了活着的意义,共同面对为了守护微不足道的日常而战斗。然而在毁灭与重生中找到了答案的出现,让拥有双重人格的少女杀手陷入两难。最终在遭遇了来自平行世界的自己的关头,拥有双重人格的少女杀手自分が一般人ではない身の上の真実を発見した。本作探讨了自由与秩序之间的永恒矛盾,是一部值得细品的家族の絆が涙を誘う作品。