《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段黑暗沉重的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与能看见他人寿命的死神代理因为了破解诅咒四处寻找解药相遇,随后偶然得知了颠覆世界的真相。在在一次意外中觉醒了沉睡的力量的过程中,他们面临破壊と再生の中で答えを見つけた的考验。運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。