《《药屋少女的呢喃》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段唯美诗意的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与以复仇为使命的暗杀者因被选为拯救世界的唯一希望相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。在一次意外中觉醒了沉睡的力量的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须为了复活重要之人与死神交易。最终在梦境与现实之间迷失了方向的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。