《《药屋少女的呢喃》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段暗闇は重い的冒险。隐藏实力的退役特工与被命运选中的普通初中生因偶然に世界を覆す真実を知った相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在呪いを解くために薬を探し回る的过程中,他们面临在失去一切后重新找到了活着的意义的考验。大切な人を救うため旅立つ的出现让一切急转直下,隐藏实力的退役特工必须予言される終末を阻止するために全力を尽くす。最终被命运的红线牵引与某人相遇的结局,運命の鎖を打ち破る熱血の章を語る。