《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段日常治愈的冒险。隐退江湖的传说级魔法师与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因被误认为是预言中的救世主相遇,随后宿敵と一時的な同盟を結んだ。在在时间尽头的决战中迎来了终局的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,隐退江湖的传说级魔法师必须二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。最终戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。